Cell II 大规模的蛋白互作网络数据库实用型工具网站：http://plants.proteincomplexes.org

美国研究团队基于共分馏质谱(Co-fractionation MS, CF-MS)技术 ，构建出大规模的植物蛋白互作网络图，相关研究成果以“A Pan-plant Protein Complex Map Reveals Deep Conservation and Novel Assemblies ”为题在Cell上发表。

▌研究背景

随着植物基因组测序数量不断增加，但基因编码的植物蛋白生化特性的研究还较为局限，很多植物细胞中的活性多蛋白复合体尚未被鉴定。共分馏质谱(Co-fractionation MS, CF-MS) 是一种高通量的检测互作蛋白方法，适用于任何生物体且无需抗体或单个蛋白质的转基因标记。研究人员收集了一个庞大的植物共分馏质谱数据库从中鉴定高置信度蛋白质-蛋白互作，文中新发现多个复合物与农艺上重要的性状有直接关系。总之目前公布的蛋白质丰度和稳定的蛋白质相互作用图谱将有助于在机制、进化和生化范畴内解释植物基因功能。

▌研究目的

为跨植物细胞共享的保守、稳定的蛋白质组装的提供跨物种视图，并为解释植物遗传和突变表型提供了一个机械的、生化的框架。

▌研究结果

通过使用MS蛋白质组学来定义植物之间共享的主要蛋白质复合物，构建来自多个组织和不同物种的200多万次蛋白质丰度测量值，研究结果不仅丰富的蛋白质复合物，还提供了将基因产物与表型联系起来并测试特定功能假设的途径及查询蛋白互作的工具网站：http://plants.proteincomplexes.org 查询蛋白互作，为植物生物学基础和应用研究奠定基础。

▌▌http://plants.proteincomplexes.org使用步骤

一、目的蛋白互作蛋白预测：

使用plant.MAP (proteincomplexes.org) 网站

二、目的蛋白涉及蛋白复合体预测：

使用plant.MAP (proteincomplexes.org) 网站

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