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  • 喜讯!Nat Commum 项目文章:解析红光诱导褪黑素生物合成的机制有助于培育富含褪黑素的番茄

    近日,四川大学张阳教授团队在Nature Commumications上发表题为Understanding the mechanism of red lightinduced melatonin biosynthesis facilitatesthe engineering of melatonin enrichedtomatoes解析了红光诱导褪黑素生物合成的机制有助于培育富含褪黑素的番茄。本文酵母文库构建由南京源宝生物提供。01、研究背景褪黑素是一种功能保守的广谱生理调节剂,在番茄果实中提高褪黑素的含量不仅能提高番茄的农艺性状,还有益于人体健康。研究表明补充红光可以通过SlphyB2-SlPIF4-SlCOMT2通路提高番茄果实中褪黑素的含量。本文通过基因编辑

  • AlphaFold2同源建模

    2020年12月,谷歌人工智能 AlphaFold2在第十四届国际蛋白质结构预测竞赛CASP14比赛中,以摧枯拉朽之势击败了所有对手,成功根据氨基酸序列预测了生命基本分子——蛋白质的三维结构。AlphaFold2使用多序列比对,将蛋白质结构整合到算法。

  • 膜体系酵母双杂交筛选载体如何选择

    膜体系酵母双杂交筛选原理:膜体系文库筛选原理:若文库蛋白X和诱饵蛋白Y共同转到NMY51菌株中,两者互作会形成完整的泛素,从而被UBPS识别进行剪切,剪切下来的LexA-VP16(人工转录因子TF),从而激活下游报告基因。膜体系诱饵载体如何选择?膜体系酵母双杂交体系中根据诱饵蛋白质定位不同,需要选用不同的载体,以便于诱饵蛋白相连接的Cub-LexA-VP16和文库蛋白相连的泛素NubG相互作用。蛋白质在细胞分布类型诱饵载体选择N端在胞质,C端在胞外或者细胞器腔内使用pBT3-NN端在胞质,C端在胞质N端在胞外或者细胞器腔内,C端在胞质,且N端有信号

  • 酵母文库质检新篇章

    文章标题:酵母双杂交文库高通量测序鉴定,提供了全新的酵母文库质量评价标准!研究背景酵母双杂交(Y2H)是研究生物中蛋白互作的经典方法,但存在假阳性比例高的特点限制了其广泛的应用。目前传统的文库鉴定方法仅通过鉴定文库的库容和片段的长度来判断酵母文库的质量,该鉴定方法存在随机性和单一性的问题。因此,开发一种新的文库鉴定方法来评价酵母文库的质量对于酵母双杂体系的进一步应用具有重要的意义。研究目的本文开发了一种新的方法来评估文库,只需要构建一个10 ng的文库,通过15次PCR扩增插入片段,然后进行高通量测序。该方法消

  • 新一代同源建模AlphaFold 2技术的应用

    文章标题:OsNRAMP5的弱等位基因在水稻中可以适度吸收镉,同时防止锰的缺乏。01、研究背景大米中的镉(Cd)是人镉摄入的主要来源。在与水稻Cd积累有关的几个基因中,OsNRAMP5功能的缺失可以通过抑制根系吸收而有效降低籽粒镉的浓度。但OsNRAMP5也是一个主要的锰转运体,因此选育不引起子粒严重缺锰的情况下降低籽粒Cd浓度的水稻品种十分重要。02、研究目的文章鉴定了一个新的OsNRAMP5等位基因,其337位的谷氨酰胺(Q)被赖氨酸(K)取代,该等位基因表型为对缺锰表现出较强的抗性。通过在酵母细胞验证表明该突变位点是OsNRAMP5功能的关键位点之一

  • Cell II 大规模的蛋白互作网络数据库实用型工具网站:http://plants.proteincomplexes.org

    美国研究团队基于共分馏质谱(Co-fractionation MS, CF-MS)技术 ,构建出大规模的植物蛋白互作网络图,相关研究成果以“A Pan-plant Protein Complex Map Reveals Deep Conservation and Novel Assemblies”为题在Cell上发表。▌研究背景随着植物基因组测序数量不断增加,但基因编码的植物蛋白生化特性的研究还较为局限,很多植物细胞中的活性多蛋白复合体尚未被鉴定。共分馏质谱(Co-fractionation MS, CF-MS) 是一种高通量的检测互作蛋白方法,适用于任何生物体且无需抗体或单个蛋白质的转基因标记。研究人员收集了一个庞大的植物共分馏质

  • Nature methods | 美国加利福尼亚生物研究所引导CrY2H-seq新技术实现大规模、多复用的深度覆盖互作网路绘图

    美国加利福尼亚Salk生物研究所团队,基于酵母双杂交和二代高通量测序的高效绘制大规模,多复用的蛋白互作网络图,相关成果以“a massively multiplexedassay for deep-coverage interactome mapping”为题在Nature methods 上发表。研究背景:酵母双杂交实验是目前z为广泛使用的绘制蛋白互作的方法之一,可以帮助科研工作者鉴定目的蛋白涉及的相关互作网络,丰富蛋白互作的资源库。但由于成本、时间、现有技术的的限制,大规模的蛋白相互作用网络图谱绘制是一项很大的挑战。一种大规模、多复用的深度覆盖互作网络绘制的实验方法(CrY2H-s

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